Inžinierius, hidrotechnikos specialistas, valstybės ir visuomenės veikėjas, profesorius.
Gimė 1878 m. gegužės 21 d. Jusėnų kaime (Panevėžio aps.).
1909 m. baigė Rygos politechnikos instituto statybos fakultetą.
1902 m. buvo vienas iš steigėjų ir ilgametis draugijos „Viltis“ pirmininkas. 1918 m. pirmininkavo Helsinkyje įkurtam Lietuvių evakuacijos komitetui.
1918 m. pirmajame profesoriaus A. Voldemaro ministrų kabinete pakviečiamas dirbti į Susisiekimo ministeriją, kur jam pavedama organizuoti geležinkelių, plentų, vandens kelių – uostų ir pašto – telefono – telegrafo valdybas. Per visą nepriklausomybės laikotarpį dirbo kaip praktikas ir kaip pedagogas įvairiose valstybinėse pareigose. 1922-1944 m. Lietuvos universiteto Kaune ekstraordinarinis profesorius, Statybos katedros vedėjas. 1924-1936 m. buvo Susisiekimo ministerijos vyr. inspektoriumi ir kartu iki 1933 m. Klaipėdos uosto darbų valdybos viršininku.
Klaipėdoje jam vadovaujant atliktas uosto pagilinimas, pastatytas naujas baseinas su gelžbetonio krantinėmis, pastatyta sandėlių, uostas sumodernintas. 1925-1930 m. J. Šimoliūnas buvo ir Šventosios uosto statybos viršininkas, vadovavo Juodkrantės bei Nidos žvejų uostų perstatymui. Dirbdamas Lietuvos pajūryje, daug dėmesio kreipė jo pagražinimui, kopų apsaugai. Jis veikė ir visuomeninėse organizacijose: 1919 m. suorganizavo pirmąjį jachtklubą ir buvo pirmuoju vadovu, vėliau – vienas iš Jūros dienų organizatorių. 1949-1960 m. vadovavo Pasaulio lietuvių inžinierių ir architektų sąjungai ir buvo jos draugijos garbės narys, Šaulių sąjungos garbės narys. Išspausdintas pagrindinis kursas „Statyba“ I–IV (1936-1943), „Danijos plentai ir jų palyginimas su Lietuvos plentais“ (1925), „Šventosios uostas“ (1933) išėjęs atskiru leidimu. 1944 m. pasitraukė į Vokietiją, vėliau atvyko į JAV.
Mirė 1965 m. vasario 11 d. Čikagoje (JAV).