Kunigas, raštijos veikėjas.
Gimė 1833 m. balandžio 23 d. Šaipiuose (Klaipėdos r).
Mokėsi Nimersatės liaudies mokykloje, privačiai Klaipėdoje, vėliau Tilžės gimnazijoje. 1846-1858 m. studijavo teologiją Karaliaučiaus universitete, teologijos žinias gilino Vitenbergo kunigų seminarijoje. Baigęs mokslus nuo 1861 m. kunigavo Nidoje, Įsėje, Kraupiškėse, Tauragėje.
1882-1912 m. buvo Klaipėdos Laukininkų bažnyčios kunigas. Klaipėdoje dirbo 30 metų. Jis gynė lietuvių kalbą, prisidėjo prie peticijų, kad būtų grąžinta lietuvių kalba mokykloms, stengėsi, kad būtų įsteigta lietuviams žadėtoji mokytojų seminarija Klaipėdoje.
Buvo aktyvus visuomenininkas, parengė ir išleido protestantiškų giesmynų, lietuvių kalbos vadovėlį. Savo lietuviškus pamokslus – mišių knygas išleido Klaipėdoje 1913 m. Redagavo lietuvišką laikraštį „Nusidavimai apie Evangelijos praplatinimą…“, bendradarbiavo „Lietuviškoje ceitungoje“, redagavo 1897 m. Biblijos leidimą. 1925–1939 m. J. Pipiro vardu buvo pervardyta uostamiesčio Bažnyčių gatvė.
Mirė 1912 m. kovo 29 d. Klaipėdoje. Palaidotas Skaisgirių kapinaitėse.